رسالت پیامبر(ص)، با دعوت پنهانی اطرافیان آغاز شد و این رسالت سه سال طول کشید، دراین مدت گروهی به آیین پاک اسلام گرویدند و جامعة کوچکی از مسلمین در مکه شکل گرفت.
سران قریش در این سه ساله، مشغول خوشگذرانی و سرمست عیش و نوش‌اند و در حالی که کم و بیش از دعوت سری محمد(ص) آگاهند، ولی واکنش نشان نمی‌دهند. دومین دورة رسالت پیامبر(ص) نیز به فرمان خداوند با دعوت خویشاوندان علنی می‌شود. وَأَنذِرْ عَشِيرَتَكَ الْأَقْرَبِينَ؛ خویشاوندان نزدیک را بترسان. وقتی پیامبر، قریش را به اسلام فرا خواند، جبهة کفر در برابر جبهة ایمان صف‌آرایی نمود و زنگ‌های خطر در تمام محافل شرک نواخته شد. پس از اندکی، اسلام به تمام طوایف قریش راه می‌یابد و از هر قبیله گروهی به پیامبر(ص) ایمان می‌آورند و همین باعث هراس مشرکان می‌شود. آنان به این نتیجه می‌رسند که از هر راه ممکن، اساس این دین نوپا را ویران کنند. تطمیع پیامبر(ص) هیچ سودی نمی‌بخشد و قریش تصمیم به شکنجه و آزار نومسلمانان می‌گیرد. از آنجا که در میان عرب‌ها احساسات قومی و قبیله‌گرایی شدیدی وجود داشت و برای مثال اگر فردی از قبیله‌ای در قبیلة دیگر دزدی می‌کرد و او را می‌گرفتند و پایش را می‌شکستند، افراد قبیلة مقابل نیز تا پای یک نفر از آنها را نمی‌شکستند، رهایشان نمی‌کردند. اگر کسی کشته می‌شد، حتماً باید کسی از آنها را می‌کشستند و در این میان تنها عامل بازدارنده از خون‌ریزی مجدّد، پیوند سببی ازدواج بین آن دو قبیله بود و قضیه بدین وسیله حل می‌گشت. این وضعیت برای مسلمانان خوب بود چرا که اگر مسلمانی از قبایل دیگر آزار می‌دید، افرا دقبیله‌اش به حمایت از او بر می‌خاستند. مشرکان به این نتیجه رسیدند که این قضیه به گسترش مسلمانان کمک می‌کند لذا حدود سال پنجم بعثت، جلسه‌ای گذاشته و در آن بنا گذاشتند که هر قبیله‌ای، سختگیری و شکنجه بر نومسلمانان همان قبیله را به عهده گیرد تا درگیری بین طوائف ایجاد نشود. در نتیجه اوضاع به شدت بر مسلمانان سخت شود. در این شرایط غیرقابل تحمل، پیامبر اکرم(ص) به مسلمانان مکه فرمود تا برای رهایی از آزار مشرکان به سرزمین حبشه هجرت کنند؛ چرا که حاکم آن سرزمین نیرومند و دادگر است. آنان به فرماندهی جعفر خاک مکه را ترک کردند. با رفتن مسلمانان به حبشه، پیام اسلام از محدودة مکه فراتر رفت و از سوی دیگر، مسلمانان دور از دسترس مشرکان، به بازسازی تشکیلاتی پرداختند و حتی امکان تبلیغ اسلام و تثبیت و تقویت آن فراهم شد. رفتن این عده بر مشرکان بسیار گران آمد، تا جایی که هیئتی را برای بازگرداندن آنان فرستادند. این در حالی بود که پیامبر(ص) همراه آنان نبود. در این جریان، موفقیتی نصیب مشرکان نشد.
محاصرة اقتصادی و سیاسی پیروان پیامبر، از دیگر تلاش‌های مشرکان برای جلوگیری از رشد روز افزون اسلام بود. پیروان پیامبر(ص) در دره‌ای به نام شعب ابی‌طالب مسکن گزیدند و هرگونه مبادله و خرید و فروش غیرمسلمان با مسلمانان ممنوع اعلاما شد. این محاصره سه سال طول کشید. فشار و سختگیری به حدی رسید که نالة جگر خراش فرزندان بنی‌هاشم به هوا خاست. جوانان و مردان، با خوردن تنها یک خرما روز خویش را سپری می‌کردند. در تمام این سه سال، تنها در ماه‌های حرام، بنی‌هاشم از شعب بیرون می‌آمدند و داد و ستد اندکی می‌کردند و باز می‌گشتند. تنها در همین ماه‌ها پیامبر(ص) فرصت نشر و پخش آیین خویش را می‌یافتند. این وضعیت پس از سه سال پایان پذیرفت.
روایات مربوط به ارتباط اهالی مدینه با پیامبر متفاوت است. آنچه پذیرفتنی است اینکه، اولین ارتباط آنها با پیامبر(ص)، گویا در ساله هشتم بعثت است که سران خزرج برای جمع‌آوری نیرو علیه اوسیان به مکه آمدند، اما سران شرک آنها را از هر گونه کمکی ناامید ساختند و علت را درگیری و بحران با پیامبر دانستند. این سفر در ماه حرام بود و پیامبر در مسجدالحرام بودند. تعدادی از آنها در این سفر به گفت‌وگو با پیامبر پرداخته و به اسلام متمایل شدند، در سال بعد تعدادی از ایشان دیداری با پیامبر(ص) برگزار کرده و به او ایمان‌آوردند. در موسم حج سال بعد، دوازده نفر در عقبه با او پیمان بسته و از حضرت برای هجرت به مدینه دعوت کردند و به ایشان گفتند ما سال‌هاست برای حاکمیت بر مدینه دچار نزاع هستیم؛ شما می‌توانید راه‌حل مدینه باشید. حضرت پذیرش دعوت را موکول به اسلام اهالی و دعوت عمومی کردند؛ از این رو آنها از حضرت درخواست مبلغ کردند که ایشان مصعب بن‌عمیر را اعزام کردند. این تلاش‌ها به پیمان دوم عقبه انجامید. در این پیمان، هم پیمانان یثربی رسول‌الله(ص) تعهد سپردند همانگونه که از زنان و فرزندان خویش دفاع می‌کنند از او نیز دفاع کنند. مشرکان از اینکه حضرت پایگاه دومی به دست آورده سخت هراسان شدند؛ زیرا تمام نقشه‌های خود را در جلوگیری از پیشرفت اسلام نقش بر آب می‌دیدند.
جلسة مشورتی در دارالندوه برگزار شد و نتیجة این نشست آن دش که از هر قبیله افرادی برگزیده شوند و شبانه به خانة پیامبر یورش برند و او را قطعه قطعه کنند. خداوند رسول گرامی(ص) را از این نقشة شوم آگاه ساخت و او را مأمور به هجرت کرد. علی(ع) بر بستر پیامبر(ص) جایگزین شد و حضرت شبانه مکه را ترک گفت.
هنگامی که مشرکان به خانة پیامبر(ص) هجوم آوردند، علی(ع) را دیدند که ایثارگرانه به جای پیامبر(ص) در بستر آرمیده است و این گونه توطئه مشرکان خنثا شد و پیامبر پای به مدینه گذاشت.
با هجرت پیامبر به مدینه، ضربة محکمی به مشرکان و یهود وارد آمد و مکه در شوک فرو رفت.