ولایت فقیه از صدر اسلام تاکنون مطرح بوده است
آغاز نظریه ولایت فقیه را باید از زمان نبي‌مكرم اسلام دانست، زیرا: مسلمانان از همان زمان با دو مسئله اساسی روبرو بوده‌اند، یکی حضور نداشتن پیامبر6 در بسیاری از شهرها و دیگری نیاز مردم به احکام و دستورات سیاسی و فردی، بنابراین به افرادی نیاز داشته‌اند که دستورها را برای آنها بیان کند و امورات مربوط به شأن حاکمیت و ولایت را در جامعه آنها جاری نماید.
در دوران امامام معصوم:هم، وضع به همین منوال بوده است نیاز به فقهای بزرگ احساس می‌شده، بر این اساس در دوران حضرات معصومین در شهرهای مختلف اسلامی، اصحاب و فقهای بزرگواری چون، علی ابن ابی رافع، سلمان فارسی عبدالله بن مسعود، سعید بن جیبر، عورة بن‌زیبر، سعید بن مصیب در قرن اول هجری و حس‌بن محبوب، ابی‌نصر ابی بزنطی، حسین بن سعید، فضل بن شادان نیشابوری- احمدبن اسحاق، یونس بن عبدالرحمان در قرن دوم هجری و عبدالعظیم حسنی در نیمه اول قرن سوم هجری با حضور حضرات معصومین:در مرکز حکومت اسلامی، در دیگر شهرها از طرف آنان برای حاکمیت و تبلیغ شریعت نیابت داشته‌اند.
در دوران غیبت صغری فقها و محدثان و علمای بزرگ شیعه مانند عثمان‌بن سعید، محمدبن عثمان، حسین‌بن روح و علی بن محمد سمری به عنوان نواب چهارگانه و حسن‌بن علی اطروش از سالهای 257 تا 329 هجری قمری از طرف حضرات امام هادی و عسکری و امام مهدی:نیابت داشته و بر جامعه اسلامی و جهان تشیع اعمال ولایت کرده‌اند، که شرح حال این محدثان والامقام و فقهای بزرگ و عالمان برجسته شیعه باید در کتابی دیگر تبیین شود.
آنچه امروز محل اشکال واقع شده و افرادی مغرضانه یا از روی عدم آ‌گاهی و بدون دلیل طرح بحث ولایت فقیه را از زمان مرحوم ملا احمد نراقی حدود یک قرن و نیم پیش می‌دانند و فقهای انگشت‌شماری نیز این دیدگاه را پذیرفته‌اند، ما را بر آن می‌دارد تا فهرست‌وار اشاره‌ای به سیر تاریخی این سلسله نورانی و طلایه‌داران فقاهت و ولایت و مرجعیت داشته باشیم تا بر جویندگان طریق حقیقت روشن شود که بحث ولایت فقیه یک بحث ریشه‌دار در طول تاریخ تشیع و خصوصاً از زمان غیبت کبری امام عصر عجل‌الله تعالی فرجه‌الشریف مطرح بوده است.
در سیر تاریخی نظریه ولایت فقیه باید با توجه به نقش زمان و مکان در چگونگی ارائه این نظریه توجه نمود، زیرا اندیشه و فکر و نظریات عمیقاً تحت تأثیر زمینه‌های اجتماعی سیاسی، اقتصادی، فرهنگی و نظامی زمان تئوری‌پردازی نظریه خاص قرار داشته و دارد.
در هر صورت از زمان شروع غیبت کبری به نصب عام حضرات معصومین: فقهاء زعامت و ولایت و رهبری شیعیان را برعهده داشته‌اند که به عنوان نمونه می‌توان به فقهاء و محدثان بزرگی مانند:علی‌بن بابویه قمی، فارابی، محمدبن قولویه، ابن ابی‌عقیل، جعفربن قولویه، ابن جنید اسکافی در قرن چهارم هجری قمری و سیدرضی، شیخ مفید، ابن‌سینا، سید مرتضی، شیخ طوسی، عبدالعزیزبن براج طرابلسی در قرن پنجم هجری قمری و ابن زهره حسینی و ابن زهره حسینی و ابن ادریس حلی در قرن ششم اشاره نمود.
در قرون بعد، خواجه‌نصیر طوسی و جعفربن سعید حلی (محقق اول) در قرن هفتم و حسن‌بن یوسف (علامه حلی) و محمدبن حسن حلی و محمدبن مکی (شهید اول) در قرن هشتم در این زمره قرار می‌گیرند.
در قرن نهم: فاضل مقداد، ابن فهد حلی، علی‌بن هلال جزایری و در قرن دهم، شیخ کرکی (محقق ثانی)، زین‌الدین (شهیدثانی)، حسین بن عبدالصمد و شیح احمد مقدس اردبیلی به ساحت مقدس ولایت و فقامت خدمات بزرگی را انجام داده‌اند.
در قرون یازدهم، دوازدهم و سیزدهم هجری قمری نام فقهاء و محدثانی والامقامی مانند: شیخ بهاء الدین محمدعاملی، میر محمدباقر داماد، محمدتقی مجلسی، محقق سبزواری، آقا حسین خوانساری، محمدباقر مجلسی، سیدمحمد طباطبائی، فاضل هندی، وحیدبهبانی، سید مهدی بحرالعلوم، جعفر کاشف الغظاء، ابوالقاسم قمی، ملااحمد نراقی، محمدحسن جواهر، و شیخ مرتضی انصاری بر صفحه فقاهت و ولایت و مرجعیت شیعه می‌درخشند و هر کدام در جای خود به نظریه‌پردازی در مورد ولایت فقیه و در حد توان پیاده نمودن و اعمال ولایت پرداختهاند، در تاریخ معاصر از ابتدای قرن چهاردهم تاکنون شخصیت‌های فقهی و سیاسی برجسته‌ای مانند میرزای شیرازی، شیخ‌فضل الله نوریع محمدکاظم خراسانی، محمدکاظم یزدی، محمد حسین نائینی، عبدالکریم حائری یزدی، سیدابوالحسن اصفهانی، سید حسن مدرس، سیدابوالقاسم کاشانی، محمدحسین کاشف الغطاء، سید حسین بروجردی، سیدروح‌الله الموسوی الخمینی، سیدمحمدرضا گلپایگانی، سیدشهاب‌الدین مرعشی نجفی، محمدعلی اراکی، سید محمدباقرصدر، علامه شهید مرتضی مطهری، سیدمحمد بهشتی (سیدالشهدای انقلاب; و حضرت آیت‌الله العظمی حاج سید علی خامنهای روحی له الفداه به نظریه‌پردازی تبیین اندیشه سیاسی شیعه و ولایت و حاکمیت فقیه جامع الشراط در عصر غیبت امام زمان7 پرداختهاند، و با مبارزات بی‌امان خود زمینه را جهت حاکمیت ولایت فقیه مهیا نموده که این حاکمیت با عنوان نظام مقدس جمهوری اسلامی از سال 1357 هجری شمسی به رهبری و ولایت زعیم عالیقدر جهان تشییع حضرت آیت‌الله العظمی الامام سیدروح الله الموسوی الخمینی پا به عرصه سیاسی جهان کنونی گذاشت و پس از رحلت آن امام عظیم‌الشأن این نظام مقدس تحت رهبری مقام معظم ولایت حضرت آیت‌الله العظمی حاج سیدعلی خامنهای روحی فدا، قرار گرفت.
این سیر تاریخی نشان می‌دهد کسانی که نظریه ولایت فقیه را بحثی جدید و بدون ریشه تاریخی دانسته‌اند سخت در اشتباهند و همانگونه که بیان شد یا از روی غرض و کینه‌توزی بعضاً با جدید خواندن بحث ولایت فقیه به مبارزه با آن برخاسته‌اندو یا اگر فقهاء و اندیشمندان انگشت شماری در قرون اخیر با آن برخاسته‌اند و یا اگر فقهاء و اندیشمندان انگشت‌شماری در قرون اخیر این سخن را بر زبان رانده‌اند از روی مسامحه و کم توجهی یا ساده لوحی بوده است.